Het software archief is hieronder op directory-niveau weergegeven.

Voor van de standaard afwijkende file-headers is de onderstaande tabel van belang.

Standaard
(exec-file)
header 19 bytes:
1 – LB Load adres
2 – HB Load adres
3 – LB Execute adres
4 – HB Execute adres
17 – # 0D
18 – # 00

19 – Begin programma
Atom-in-PC (handleiding)

header 16 bytes:
0 – LB Load adres
1 – HB Load adres
2 – LB Execute adres

3 – HB Execute adres

4 – LB Lengte
5 – Lengte
6 – Lengte
7 – HB Lengte
8 – 15 Reserved

Emulator Wouter Ras
header 22 bytes:

0 – 15 Filenaam
16 – LB Load adres
17 – HB Load adres
18 – LB Execute adres

19 – HB Execute adres

20 – LB Lengte
21 – HB Lengte

Ter verduidelijking zijn hier een hex-dumps te zien voor de verschillende file-headers. Het programma FPU2.exe converteert moeiteloos de verschillende formats. Bij het gebruik van dit programma moet het pad van en naar de resp. invoer en uitvoer dir opgegeven worden. Een paar tijdelijke subdirs “van” en “naar” kunnen verwarring voorkomen. De filenaam (ook wildcards) moet alleen in de eerste (“van”) vraag ingevoerd worden. (zie voor FPU c.a. ook) daar

ACL1 :
ACL1-01 ACL1-02 ACL1-03 ACL1-04 ACL1-05 ACL1-06 ACL1-07 ACL1-08 ACL1-09 ACL1-10 ACL1-11 ACL1-12 ACL1-13 ACL1-14 ACL1-15 ACL1-16 ACL1-17 ACL1-18 ACL1-19 ACL1-20 ACL1-21 ACL1-22 ACL1-23 ACL1-24 ACL1-25 ACL1-26 ACL1-27 ACL1-28 ACL1-29 ACL1-30 ACL1-31 ACL1-32

ACL2:
ACL2-01 ACL2-02 ACL2-03 ACL2-04 ACL2-05 ACL2-06 ACL2-07 ACL2-08 ACL2-09 ACL2-10 ACL2-11 ACL2-12 ACL2-13 ACL2-14 ACL2-15 ACL2-16 ACL2-17 ACL2-18 ACL2-19 ACL2-20 ACL2-21 ACL2-22 ACL2-23 ACL2-24 ACL2-25 ACL2-26 ACL2-27 ACL2-28 ACL2-29 ACL2-30 ACL2-31 ACL2-32 ACL2-33

AN (Bij Atom Nieuws – jaar – nummer):
AN88-01 AN88-02 AN88-03 AN88-04 AN88-05 AN88-06 AN88-07 AN88-08 AN88-09 AN88-10 AN88-11 AN88-12 AN88-13 AN88-14
AN89-01 AN89-02 AN89-03 AN89-04 AN89-05 AN89-06 AN89-07 AN89-08
AN90-01 AN90-02 AN90-03 AN90-04 AN90-05 AN90-06
AN91-01 AN91-02 AN91-03 AN91-04 AN91-05
AN92-01 AN92-02 AN92-03 AN92-04 AN92-05 AN92-06
AN93-01 AN93-02 AN93-03 AN93-04 AN93-05 AN93-06

dd (een alternatief disk archief, waarin de op cassettebandjes verspreide software):
dd-01 dd-02 dd-03 dd-04 dd-05 dd-06 dd-07 dd-08 dd-09 dd-10 dd-11 dd-12 dd-13 dd-14 dd-15 dd-16 dd-17 dd-18 dd-19 dd-20 dd-21 dd-22 dd-23 dd-24 dd-25 dd-28 dd-29 dd-30 dd-31 dd-32 dd-33 dd-34 dd-35 dd-36 dd-37 dd-38 dd-39 dd-40 dd-41 dd-42 dd-43 dd-44 dd-45 dd-46 dd-47 dd-48 dd-49 dd-50 dd-51 dd-52

Atom in PC:
Atominpc.108
Atominpc.215
Atominpc.220
Atominpc.310
Atominpc.400
Atominpc.423
Atominpc.430

PC (Diskettes op PC format – jaar – nummer):
Pc94-1 Pc94-2
Pc95-1 Pc95-2 Pc95-3
Pc96-1 Pc96-2 Pc96-3
Pc97-1 Pc97-2 Pc97-3 Pc97-4
Pc98-1 Pc98-2
Pc99-1 Pc99-2
2000-1 2000-2 2000-3 2002

Voor zip-files Atom disk images en Atom tape files zie hier. 
 
 Omzetten van files naar 300/1200 Baud 
  1) Maak eerst een audiokabel vanaf de uitgang van de geluidskaart (phone) 
     naar de cassette ingang (3) van de Atom. 
     	 	 
  2) Converteer dan de (Atom-in-PC) files naar .ATM files dmv het FPU-v2 programma.
     (let op de file-headers zie bovenaan dit file) 
  3) Verbind de geluidskaart met de Atom dmv de gemaakte audiokabel en start op de PC AtomCOM op.
     Stuur de .ATM files van PC naar de Atom cassettepoort via de geluidskabel. 
  Lees de artikelen en de handleidingen hieronder. 
  Wouter Ras Emulator  Handleiding 	
  AN 1998 nr.1-pag.56  ATM tools 
  AN 1998 nr.2-pag.55  Update FPU  
  AN 1999 nr.1-pag.21  FPU (Atomic File Processing Unit)  
  AN 1999 nr.3-pag.13  FPU-v2 Update